總分機構在計算繳納印花稅時，應注意以下問題，避免誤繳印花稅。

1、分支機構無需繳納“記載資金賬簿”稅目的印花稅

分支機構屬于總機構的下設機構，其資金來源屬于總機構的內部往來款，不屬于股東的投資，其資金來源在會計處理上應該列支往來款而不是“實收資本”，也不存在“資本公積”。因此，分支機構無需申報繳納“記載資金賬簿”稅目的印花稅。總分機構之間的撥款，總機構列支“其他應收款”，不列支“長期股權投資”，如下：

借：其他應收款分支機構

貸：銀行存款

分支機構收到總機構的撥付資金，列支“其他應付款”，不列支“實收資本”，如下：

借：銀行存款

貸：其他應付款總機構

2、總分機構、分分機構之間的資金往來，不申報繳納“借款合同”稅目的印花稅

2.1、如上所述，總分機構之間的資金往來，屬于同一法人企業內部機構間的資金調撥，不屬于借款，無需依照“借款合同”稅目繳納印花稅；

2.2、“借款合同”稅目的印花稅，指的是銀行及其他金融組織和借款人（不包括銀行同業拆借）所簽訂的借款合同，總分機構間的資金往來，不涉及銀行及其他金融組織，無需依照“借款合同”稅目繳納印花稅。

3、總分機構、分分機構之間的商品、財產調撥等行為，不申報繳納“購銷合同”、“產權轉移書據”等稅目的印花稅

總分機構、分分機構之間的商品、財產調撥等行為，雖然在增值稅稅種作為獨立的應稅行為，但實則還是內部機構間的調整，并未發生所有權的**變化，在會計和所得稅上都不確認收入及成本，因此，無需就此計算繳納印花稅。

如果納稅人在總分機構、分分機構之間的商品調撥、財產轉移等行為發生時，分別確認了彼此的會計收入及成本，在計算繳納印花稅時，也應將其剔除，避免繳納了不應該繳納的印花稅。